Ein av dei største utfordringane selskapet har hatt var med bakterien brachiomonas som tok livet av mykje postsmolt. Bakterien vart først vitskapleg beskriven i 2012 og vart påvist i anlegget i 2014. Alle var einige om at bakterien kom med sjøvatnet som vart henta inn. Men sjølv om Hardingsmolt slutta å ta inn sjøvatn, og heller tilsette salt i vatnet til postsmolten, vart ikkje problemet vekke.

- Tvert imot vart problemet heller verre, fortel dagleg leiar Jakob Drivenes i Hardingsmolt.