Det opplyses i en pressemelding tirsdag.
Han har også gått ut av selskapets konsernledelse.
Skotten Rafferty har jobbet i Nutreco i to omganger, senest fra 2012. Han har hatt ulike roller i oppdrettsnæringen, blant annet i ledelsen i Cermaq, Marine Harvest samt Morpol.
Rafferty vil være tilgjengelig for selskapet til september 2017, «for å sikre en god overgang».
- Vi takker Steven for hans innsats for Nutreco, i nær to tiår i konsernet. I den siste perioden, har vår fiskefôrvirksomhet holdt en sterk og konsistent vekst og ytelse.